ウェブマスターツールの「検索クエリ」項目がちょっと変更されていました。
ここです。
以前のものと比較
以前のデフォルト
現在のデフォルト
デフォルトで「ウェブ」フィルターが掛かった状態になっています。
元（以前のデフォルト）の状態に戻す方法
１．「フィルタ」を選択。
２．「ウェブ」→「すべて」に変更します。
３．「適用」を押して完了！
※注意点
「ウェブ」→「すべて」にしても以前のものと数値誤差が出てきます。
同期間で比較した数値は以下の通り。
（以前）
（現在）
結構誤差があります。国別などで色々と試してみたのですが以前と同じ数値にはなりませんでした。
定点観測等している方は要注意ですね。
原因が分かったので追記しました
ウェブマスターツール「検索クエリ」で同じ時期を指定しているのに数値が違う理由
その他
「そもそもこのウェブマスターツールの『検索クエリ』項目って何に使うの？」という方はこちら。
Google ウェブマスター向け公式ブログ: ウェブマスター ツールをもっと活用するためのヒント
検索クエリ の機能では、クリック数やクリック率など、アクセス解析ツールで馴染みのある指標が表示されているため、「アクセス解析ツールとどう違うかわからない」という声を聞きます。検索クエリでは、サイトに訪問したユーザーのログ等を解析するアクセス解析ツールとは違い、サイトに訪問していないユーザーの、Google 検索での挙動を知ることができます。特に検索結果でのクエリごとの表示回数や平均掲載順位は他のツールでは確認することのできない非常に重要な指標です。表示回数の多いクエリなどを分析してみると、これまでに見えなかった改善点などが見つかるかもしれません。
直近で言うと(not provided)で分からない検索クエリなどもウェブマスターツールで傾向値を知ることができます。
設定方法や使い方は以下のブログが参考になります。
【参考】
ウェブマスターツールとGoogleアナリティクスを連携して流入キーワードを分析する｜SEOまとめ
検索クエリレポートのTips（後編） | モバイルSEOの勧め
というわけで、気付きメモでした！
